Calculate the probability of genotypes based on the product of allele frequencies over all loci.
pgen(gid, pop = NULL, by_pop = TRUE, log = TRUE, freq = NULL, ...)
| gid | a genind or genclone object. |
|---|---|
| pop | either a formula to set the population factor from the
|
| by_pop | When this is |
| log | a |
| freq | a vector or matrix of allele frequencies. This defaults to
|
| ... | options from correcting rare alleles. The default is to correct allele frequencies to 1/n |
A vector containing Pgen values per locus for each genotype in the object.
Pgen is the probability of a given genotype occuring in a population assuming HWE. Thus, the value for diploids is
$$P_{gen} = \left(\prod_{i=1}^m p_i\right)2^h$$
where \(p_i\) are the allele frequencies and h is the count of the number of heterozygous sites in the sample (Arnaud-Haond et al. 2007; Parks and Werth, 1993). The allele frequencies, by default, are calculated using a round-robin approach where allele frequencies at a particular locus are calculated on the clone-censored genotypes without that locus.
To avoid issues with numerical precision of small numbers, this function calculates pgen per locus by adding up log-transformed values of allele frequencies. These can easily be transformed to return the true value (see examples).
For haploids, Pgen at a particular locus is the allele frequency. This
function cannot handle polyploids. Additionally, when the argument
pop is not NULL, by_pop is automatically TRUE.
Arnaud-Haond, S., Duarte, C. M., Alberto, F., & Serrão, E. A. 2007. Standardizing methods to address clonality in population studies. Molecular Ecology, 16(24), 5115-5139.
Parks, J. C., & Werth, C. R. 1993. A study of spatial features of clones in a population of bracken fern, Pteridium aquilinum (Dennstaedtiaceae). American Journal of Botany, 537-544.
#> PrMS6A1 Pr9C3A1 PrMS39A1 PrMS45A1 PrMS43A1 #> 1411152-10B 0.5 0.5 0.15 0.5 0.111111111 #> 82 0.5 0.5 0.35 0.5 0.111111111 #> 83 0.5 0.5 0.15 0.5 0.002298851 #> 84 0.5 0.5 0.35 0.5 0.004597701 #> 85 0.5 0.5 0.35 0.5 0.222222222 #> 81-NM-1 0.5 0.5 0.35 0.5 0.111111111# \dontrun{ # You can also supply the observed allele frequencies pramfreq <- Pram %>% genind2genpop() %>% tab(freq = TRUE)#> #> Converting data from a genind to a genpop object... #> #> ...done. #>#> PrMS6A1 Pr9C3A1 PrMS39A1 PrMS45A1 PrMS43A1 #> 1411152-10B 0.5 0.5 0.1301308 0.5 0.048799049 #> 82 0.5 0.5 0.3664209 0.5 0.129488704 #> 83 0.5 0.5 0.1301308 0.5 0.011771700 #> 84 0.5 0.5 0.3664209 0.5 0.001355529 #> 85 0.5 0.5 0.3664209 0.5 0.134197384 #> 81-NM-1 0.5 0.5 0.3664209 0.5 0.129488704# You can get the Pgen values over all loci by summing over the logged results: pgen(Pram, log = TRUE) %>% # calculate pgen matrix rowSums(na.rm = TRUE) %>% # take the sum of each row exp() # take the exponent of the results#> 1411152-10B 82 83 #> 2.083333e-03 4.861111e-03 4.310345e-05 #> 84 85 81-NM-1 #> 2.011494e-04 9.722222e-03 4.861111e-03 #> 06-1413-1 07-83-7-A ODA-06-1029-82B #> 4.185268e-03 4.715795e-04 4.185268e-03 #> ODA-06-1029-82C ODA-06-1029-109A ODA-06-1029-109B #> 4.185268e-03 4.185268e-03 4.185268e-03 #> 118-28-A 08-206-44-B 08-206-44-D #> 4.185268e-04 1.395089e-03 1.395089e-03 #> 08-206-44-E 351-5-A 351-5-C #> 1.395089e-03 1.771191e-05 1.771191e-05 #> 351-5-D 351-5-E 04-76-C #> 1.771191e-05 1.771191e-05 5.580357e-04 #> 04-335-2A 04-189-B4 03-74-N10A-B #> 4.185268e-03 8.370536e-04 8.370536e-04 #> 05-2033-72 05-2033-73 05-2086-12 #> 4.715795e-04 4.715795e-04 1.395089e-03 #> 05-2086-20 05-2086-31 05-2086-34 #> 4.715795e-04 1.571932e-04 1.395089e-03 #> 05-2088-3 06-30 06-81-2 #> 4.185268e-03 4.185268e-03 1.395089e-03 #> 06-1036-71B 06-1036-71C 06-1029-122D #> 4.185268e-03 4.185268e-03 4.185268e-03 #> 06-1029-122C 06-1029-122A 06-1029-98C #> 4.185268e-04 4.185268e-04 1.771191e-05 #> 06-1027-90 1369017-9 1352535-6 #> 4.185268e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1343990-17 1344272-8 1411152-10A #> 1.005747e-04 4.861111e-03 2.083333e-03 #> 1341321-16 1418983-2 1402871-B #> 4.161712e-06 1.041667e-03 2.011494e-04 #> 1373915-5 1343990-10 1360295-17 #> 2.011494e-04 4.861111e-03 2.011494e-04 #> 1341321-32 1339849-3 1339849-5 #> 2.011494e-04 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1339849-6 1339849-7 1339849-8 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1339849-10 1339849-12 1339849-13 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1339849-15 1339849-16 1339849-17 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1429425 07-83-7-B 07-83-37-D #> 4.861111e-03 1.395089e-03 4.185268e-03 #> 07-83-38-B 07-83-38-D 1370431-1 #> 4.185268e-03 4.185268e-04 9.722222e-03 #> 1370431-2 1370431-3 1370431-4 #> 9.722222e-03 2.011494e-04 2.011494e-04 #> 1370431-5 1428631-1 04-278-3 #> 9.722222e-03 1.005747e-04 4.185268e-03 #> 04-335-2B 04-335-2C 1314176-9 #> 4.185268e-03 3.143863e-05 4.861111e-03 #> 1314176-13 1387968 1418886 #> 4.861111e-03 1.005747e-04 2.011494e-04 #> 04-83D Phytr-06-4 Phytr-0-217 #> 5.580357e-04 2.430556e-03 4.861111e-03 #> NOR1.2 MCK1.1 MCK1.2 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 4123.100000000000364 07-1161-1C 07-1161-1E #> 1.571932e-04 8.370536e-03 4.185268e-03 #> 07-1161-4A 07-1161-4B 07-1161-3-1 #> 4.185268e-03 1.395089e-03 4.185268e-03 #> 07-1161-3-2 07-1161-3-3 07-1161-5A #> 4.185268e-03 4.185268e-03 1.395089e-03 #> 07-1161-5D 1314070-20 07-1240-1 #> 1.395089e-03 4.861111e-03 4.185268e-03 #> 08-15-1 08-16-1 1368791-19 #> 4.185268e-03 4.185268e-03 2.083333e-03 #> 1368791-21 1429891-1 1429891-2 #> 1.041667e-03 2.083333e-03 8.620690e-05 #> 1429891-3 1429891-4 1429891-6 #> 4.861111e-03 2.083333e-03 2.083333e-03 #> 1429891-7 1429891-10 1429891-11 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 2.083333e-03 #> 1437044-28 1454471-29 1454471-31 #> 8.620690e-05 1.783591e-06 1.783591e-06 #> 1309326-1 1480397 1368791-2 #> 4.861111e-03 2.083333e-03 1.005747e-04 #> 1281744-1 1281744-3 1281744-5 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 1.041667e-03 #> 1281744-6 1281744-7 1281744-9 #> 2.083333e-03 8.620690e-05 4.166667e-03 #> 1281744-10 1281744-15 1281744-16 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 4.166667e-03 #> 1281744-21 1454527-12 1480844-4 #> 2.083333e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1480844-5 1480844-8 1480844-10 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1281744-4 1480841-6 1281789-1 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 2.083333e-03 #> 1281789-2 1431833-31 1431833-32 #> 2.083333e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1431833-39 1309305-21 118-28-B #> 4.861111e-03 2.011494e-04 4.185268e-03 #> 118-28-E 134-19-E 134-20-E #> 4.185268e-04 8.370536e-03 4.185268e-03 #> Pr 519- LTR1.2 Pr 520- MCK1.1 09-133-4 ODA #> 9.722222e-03 4.861111e-03 1.395089e-03 #> SOD OR 10-59-3-A SOD OR 10-59-3-D SOD OR 10-59-3-E #> 4.185268e-03 4.185268e-03 4.185268e-03 #> SOD OR 10-59-3-F SOD OR 10-59-3-H Pr 731 #> 4.185268e-03 4.185268e-03 5.208333e-04 #> Pr 732 Pr 733 Pr 734 #> 5.208333e-04 1.215278e-03 1.215278e-03 #> Pr 735 1441558-37 1441558-39 #> 1.215278e-03 4.861111e-03 9.722222e-03 #> 1469925-55 1538371-8 1560692-17 #> 1.783591e-06 9.722222e-03 1.340996e-04 #> 1623730-36 1623827-6 1631078-10 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 4.861111e-03 #> 1631078-12 #4177 Blomquist back up 1631081-1 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1631081-2 1631081-3 1631081-15 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1631081-17 1631081-22 1644850-1 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 9.722222e-03 #> 1644850-2 1644850-4 1644850-5 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 9.722222e-03 #> 1644850-6 1644850-7 1644850-8 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 9.722222e-03 #> 1644856-18 1644856-35 1341878-7 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 8.620690e-05 #> 1341878-49 1365048 1496607 #> 2.083333e-03 2.011494e-04 2.011494e-04 #> 1560191-36 1583329-B 1583329-C #> 4.161712e-06 2.011494e-04 4.861111e-03 #> 1596853 1596854 1621925-9 #> 9.722222e-03 8.620690e-05 9.722222e-03 #> 1621925-11 1621926-8 1626660-3 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 9.722222e-03 #> 1625769 1626651-10 1626656-1 #> 2.011494e-04 9.722222e-03 9.722222e-03 #> 1644994-2 PC#11-1366 ODA 81-8 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 1.771191e-05 #> ODA 81-9 ODA 81-37 ODA 114-6 #> 1.771191e-05 1.771191e-05 1.771191e-05 #> 120187 120189 120231 #> 3.143863e-05 4.861111e-03 2.011494e-04 #> 1404252-18 1497058-26 1644623-8 #> 2.011494e-04 8.620690e-05 2.011494e-04 #> 1644623-26 230P06005897-8 230P06005897-9 #> 4.161712e-06 2.011494e-04 2.011494e-04 #> 230P06005898-20 230P06005898-21 10998-V2 #> 2.011494e-04 2.011494e-04 1.571932e-05 #> 1004.1 1008.1 1019.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 1021.1 1030.1 1031.1 #> 3.128552e-05 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 1032.1 1033.1 1041 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 1044 1055 2029.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2043.1 2091.1 2092 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.673328e-04 #> 2096 2099.1 2108.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2108.2 2110.4 4088.1 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 3.271572e-03 #> 4089.1 4120 4122.4 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4131 4143.1 4144.1 #> 1.962943e-02 3.271572e-03 1.962943e-02 #> 4146.1 4154 4158.2 #> 1.962943e-02 3.128552e-05 1.962943e-02 #> 4167.1 4168.2 4169.1 #> 1.877131e-04 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 4172.2 4173.2 5013.1 #> 1.962943e-02 3.271572e-03 1.962943e-02 #> 5019 1020.1 2018.1 #> 1.962943e-02 1.138507e-02 1.962943e-02 #> 2148.1 2153.3 2157.3 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2176 2178 2179 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2180 2181 2183 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2184 2190 2192 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2193 2194 2195 #> 1.962943e-02 1.795071e-06 1.962943e-02 #> 2206 2220 4215 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4242 4251.1 4252.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4280 4297 4301.1 #> 1.877131e-04 1.877131e-04 1.877131e-04 #> 4318.1 4320.1 5410 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 5448.1 5449.1 5450 #> 1.962943e-02 1.673328e-04 1.962943e-02 #> 5451 5464 5467 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.795071e-06 #> WA12-101402 WA9-111302 2027 #> 1.269976e-02 2.024096e-05 1.600177e-06 #> 1105 2222 2234.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 3.271572e-03 #> 2234.2 2235.1 2235.2 #> 3.128552e-05 3.271572e-03 1.877131e-04 #> 2236 2236.10 2236.6 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2236.7 2243.1 2243.3 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 2243.5 2243.6 2243.8 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2271 2274 2295 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2336.1 2336.2 2336.3 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2336.4 2336.5 2340 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.795071e-06 #> 2344 2402 2404.1 #> 1.962943e-02 3.271572e-03 1.962943e-02 #> 2424 2542 2552 #> 1.962943e-02 1.620370e-03 1.962943e-02 #> 2554.4 2554.5 2572 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.308629e-04 #> 2598 2611.1 2611.2 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2611.3 2615 2617.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2617.2 2617.3 2622.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2622.2 2622.3 2624 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2628 2631 2634 #> 1.962943e-02 1.795071e-06 1.308629e-04 #> 2641.1 2641.2 2642 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2643 2644 2644.1 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2644.2 2644.3 2647 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2647.1 2647.2 2648 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2649 2649.1 4239 #> 3.271572e-03 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4240 4347 4349 #> 1.962943e-02 1.795071e-06 1.673328e-04 #> 4351 4352 4353 #> 3.271572e-03 3.271572e-03 3.271572e-03 #> 4354 4355 4358 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4359 4361 4362 #> 1.877131e-04 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 4364 4367 4375 #> 1.877131e-04 3.128552e-05 3.271572e-03 #> 4377 4378 4379 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4380 4382 4383 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4396 4400.1 WA12-030403 #> 1.877131e-04 3.128552e-05 1.269976e-02 #> WA12-1-101403 WA12-1-111003 WA12-112403 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.269976e-02 #> WA12-2-031803 WA12-2-111003 WA12-3-091603 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.269976e-02 #> WA12-3-111003 WA12-4-081803 WA15-1-031803 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.161367e-06 #> WA15-3-080403 WA1-7-031803 WA4-4-031803 #> 5.474034e-03 2.116626e-03 1.269976e-02 #> WA9.1-030403 WA9-081803 = 1712 2234 #> 2.024096e-05 1.214458e-04 7.180284e-08 #> 2222.12 2294 2452 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2486 2561 2562 #> 1.962943e-02 7.851772e-04 7.851772e-04 #> 2595 2849 2850 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2851 2965.2 2976 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 2985 2987 2988 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 4542 9004 9013 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 9022 9023 9032 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 9034 9038 WA1.2BA15-030104 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.214458e-04 #> WA1-011304 WA1-032204 WA12-011304 #> 1.269976e-02 1.214458e-04 1.269976e-02 #> WA12-012604 WA12-040504 WA12-051704 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 2.116626e-03 #> WA12-2-032204 WA16-011304 WA27-040504 #> 1.214458e-04 1.269976e-02 1.269976e-02 #> WA27-071904 WA9-020904 4384 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.795071e-06 #> WA27-040205 9488 11075 #> 1.269976e-02 6.392045e-03 1.420455e-03 #> 10490.1 10490.2 10490.3 #> 1.041667e-02 1.041667e-02 1.041667e-02 #> 10490.4 10491.1 10491.2 #> 1.041667e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10491.3 10492.1 10492.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10492.3 10492.4 10492.5 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10492.6 10493 10496.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10496.2 10496.3 10497.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10497.2 10497.3 11745.1 #> 6.313131e-04 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11745.2 11745.3 11761.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11761.2 11761.3 11761.4 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11761.5 11762.1 11762.2 #> 6.313131e-04 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11762.3 11803.1 11803.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11803.3 11805.1 11805.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11805.3 11806 11807.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11807.2 11807.3 11808.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11808.2 11808.3 11810.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11810.2 11810.3 11812.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11812.2 11812.3 11819.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11819.2 11819.3 11819.4 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11819.5 11819.6 11855.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11855.2 11913.1 11913.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11913.3 11914.1 11914.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11914.3 11349 11372 #> 2.083333e-02 7.520053e-04 1.671123e-04 #> 11798x7535 11799x7517 10794-V5 #> 1.041667e-02 2.083333e-02 3.240741e-04 #> 11466-V2 11466-V5 11540-V3 #> 8.847122e-05 8.847122e-05 3.240741e-03 #> 11160 11955 13150 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 1.041667e-02 #> 13153.1 13153.2 13155 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 2.083333e-02 #> 13184 13185 13205 #> 2.083333e-02 1.190476e-03 2.083333e-02 #> 13206 13207 13228 #> 2.083333e-02 1.041667e-02 1.041667e-02 #> 13154 11956 13226 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 1.041667e-02 #> 13227 2043_1 2138_1 #> 1.041667e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2157_3 11001 13592 #> 1.877131e-04 9.722222e-04 4.861111e-03 #> WA12S-091713 13746-9105 13766-9120 #> 1.673328e-04 4.166667e-03 1.877131e-04 #> 13767-9121 13773-9138 13774-9174 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.041141e-06 #> 13778-9175 13780-9139 13781-9123 #> 3.128552e-05 1.962943e-02 1.673328e-04 #> 13782-9140 13785-9142 13786-9143 #> 1.962943e-02 4.629630e-04 4.629630e-04 #> 13787-9144 13788-9145 13789-9146 #> 4.629630e-04 2.558480e-04 4.861111e-03 #> 13790-9147 13835 13844-9176 #> 2.558480e-04 3.086420e-04 1.543210e-04 #> 13845-9124 13846-9108 13847-9109 #> 4.861111e-03 3.240741e-03 2.558480e-04 #> 13849-9110 13850-9111 13859-9112 #> 2.083333e-02 3.125000e-02 2.083333e-02 #> 13860-9148 13861-9113 13862-9114 #> 2.083333e-02 1.190476e-03 1.190476e-03 #> 13863-9115 13867-9117 13870-9149 #> 2.083333e-02 5.208333e-03 1.877131e-04 #> 13875-9132 13878-9151 13879-9152 #> 1.877131e-04 4.861111e-03 4.050926e-03 #> 13881-9153 13883-9133 13885-9177 #> 4.873294e-06 7.716049e-05 3.240741e-04 #> 13886-9154 13887-9202 13888 #> 1.620370e-03 3.240741e-04 5.692535e-03 #> 13889-9161 13891-9162 13893-9178 #> 3.271572e-03 9.722222e-04 2.430556e-03 #> 13895-9155 13900-9156 13902-9157 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 7.520053e-04 #> 13903-9179 13904-9180 13905-9181 #> 1.138507e-02 1.410160e-03 7.520053e-04 #> 13906-9163 13908-9164 13909-9158 #> 7.520053e-04 7.520053e-04 1.877131e-04 #> 13916 13917-9182 13918-9203 #> 2.430556e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 13919-9183 13920-9159 13927-9185 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 1.041667e-02 #> 13928-9186 13929-9187 13930-A-9188 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 13930-B 13932-9189 13933-9190 #> 2.083333e-02 4.861111e-03 1.620370e-03 #> 13934 13942-9194 13945 #> 7.812500e-03 1.388889e-04 3.086420e-04 #> 13951-9195 13952-9196 13954-9197 #> 1.785714e-03 2.083333e-02 1.190476e-03 #> 13955-9198 13957-9199 13958-9200 #> 1.190476e-03 2.083333e-02 1.785714e-03 #> 13959-9206 13960-9207 14001-9208 #> 3.125000e-02 3.125000e-02 3.240741e-03 #> 14002 14003-9209 14004 #> 4.861111e-03 2.916667e-03 9.722222e-04 #> 14005 14006-9210 14007-9211 #> 1.620370e-03 1.620370e-03 1.620370e-03 #> 14008-9212 14023 14024 #> 1.620370e-03 1.041667e-02 1.785714e-03 #> 14028 14033 14035 #> 2.083333e-02 9.259259e-05 3.086420e-04 #> 14036 14056 13872-9150 #> 9.259259e-05 2.916667e-03 1.962943e-02 #> 13893 13931-9204 13600 #> 4.861111e-03 2.430556e-03 3.271572e-03 #> 13632 13635 13655 #> 1.671123e-04 4.166667e-03 2.558480e-04 #> 13661 13662 13663 #> 4.861111e-03 3.240741e-03 1.535088e-04 #> 13690 13692 13694 #> 4.873294e-06 4.629630e-05 9.722222e-04 #> 13695 13698 13699 #> 5.116959e-05 6.481481e-04 4.861111e-03 #> 13711 13716 13735 #> 9.259259e-05 1.535088e-04 4.861111e-03 #> 13737 13738 13739 #> 1.620370e-03 3.240741e-03 3.240741e-03 #> 13744 13747 13748 #> 3.240741e-03 4.166667e-03 4.166667e-03 #> 13749 13751 13753 #> 2.083333e-03 4.166667e-03 4.166667e-03 #> H-2-040113 13801 13802 #> 1.671123e-04 5.116959e-05 1.620370e-03 #> 13805 13824 13825 #> 5.116959e-05 4.166667e-03 1.877131e-04 #> 13826 13827 13828 #> 1.795071e-06 1.877131e-04 4.166667e-03 #> 13830 13831 13832 #> 1.962943e-02 8.847122e-05 4.166667e-03 #> 13837 13838 13839 #> 4.166667e-03 4.166667e-03 4.166667e-03 #> 13840 13841 13842 #> 5.208333e-04 4.166667e-03 7.520053e-04 #> 2157-3 11001-8874 2027-1 #> 1.877131e-04 9.722222e-04 1.962943e-02 #> 2138-1 13873 14040 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 4.873294e-06 #> 14041 14042 14043 #> 9.259259e-05 1.624431e-06 9.259259e-05 #> 14044 14046 14047 #> 1.543210e-04 4.861111e-03 7.520053e-04 #> 14049 14077 14078 #> 1.620370e-03 8.847122e-05 8.847122e-05 #> 14079 14080 14081 #> 8.847122e-05 8.847122e-05 8.847122e-05 #> 14082 14083 14085 #> 8.847122e-05 8.847122e-05 2.916667e-03 #> 14092 14093 14107 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14108 14112 14113 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14114 14115 14116 #> 2.558480e-04 3.240741e-03 2.314815e-04 #> 14119 14120 14121 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14122 14123 14131 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14132 14045-a 14045-b #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 13971 13977 14129 #> 7.520053e-04 1.620370e-03 1.420455e-03 #> 14135 14136 14137.1 #> 1.420455e-03 8.847122e-05 8.847122e-05 #> 14138 14139 14141 #> 2.893519e-03 8.847122e-05 4.861111e-03 #> 14142 14145 14149 #> 1.944444e-03 5.208333e-04 4.861111e-03 #> 14151 14152 14153 #> 7.520053e-04 7.520053e-04 7.520053e-04 #> 14156 14159 14160 #> 1.620370e-03 2.916667e-03 7.520053e-04 #> 14161 14162 14164 #> 1.877131e-04 7.520053e-04 6.392045e-03 #> 14165 14167 14168 #> 2.916667e-03 1.620370e-03 4.861111e-03 #> 14169 14171 14172 #> 2.558480e-04 4.861111e-03 1.279240e-04 #> 14174 14175 WA84-121613 #> 1.795071e-06 9.259259e-05 4.861111e-03# You can also take the product of the non-logged results: apply(pgen(Pram, log = FALSE), 1, prod, na.rm = TRUE)#> 1411152-10B 82 83 #> 2.083333e-03 4.861111e-03 4.310345e-05 #> 84 85 81-NM-1 #> 2.011494e-04 9.722222e-03 4.861111e-03 #> 06-1413-1 07-83-7-A ODA-06-1029-82B #> 4.185268e-03 4.715795e-04 4.185268e-03 #> ODA-06-1029-82C ODA-06-1029-109A ODA-06-1029-109B #> 4.185268e-03 4.185268e-03 4.185268e-03 #> 118-28-A 08-206-44-B 08-206-44-D #> 4.185268e-04 1.395089e-03 1.395089e-03 #> 08-206-44-E 351-5-A 351-5-C #> 1.395089e-03 1.771191e-05 1.771191e-05 #> 351-5-D 351-5-E 04-76-C #> 1.771191e-05 1.771191e-05 5.580357e-04 #> 04-335-2A 04-189-B4 03-74-N10A-B #> 4.185268e-03 8.370536e-04 8.370536e-04 #> 05-2033-72 05-2033-73 05-2086-12 #> 4.715795e-04 4.715795e-04 1.395089e-03 #> 05-2086-20 05-2086-31 05-2086-34 #> 4.715795e-04 1.571932e-04 1.395089e-03 #> 05-2088-3 06-30 06-81-2 #> 4.185268e-03 4.185268e-03 1.395089e-03 #> 06-1036-71B 06-1036-71C 06-1029-122D #> 4.185268e-03 4.185268e-03 4.185268e-03 #> 06-1029-122C 06-1029-122A 06-1029-98C #> 4.185268e-04 4.185268e-04 1.771191e-05 #> 06-1027-90 1369017-9 1352535-6 #> 4.185268e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1343990-17 1344272-8 1411152-10A #> 1.005747e-04 4.861111e-03 2.083333e-03 #> 1341321-16 1418983-2 1402871-B #> 4.161712e-06 1.041667e-03 2.011494e-04 #> 1373915-5 1343990-10 1360295-17 #> 2.011494e-04 4.861111e-03 2.011494e-04 #> 1341321-32 1339849-3 1339849-5 #> 2.011494e-04 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1339849-6 1339849-7 1339849-8 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1339849-10 1339849-12 1339849-13 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1339849-15 1339849-16 1339849-17 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1429425 07-83-7-B 07-83-37-D #> 4.861111e-03 1.395089e-03 4.185268e-03 #> 07-83-38-B 07-83-38-D 1370431-1 #> 4.185268e-03 4.185268e-04 9.722222e-03 #> 1370431-2 1370431-3 1370431-4 #> 9.722222e-03 2.011494e-04 2.011494e-04 #> 1370431-5 1428631-1 04-278-3 #> 9.722222e-03 1.005747e-04 4.185268e-03 #> 04-335-2B 04-335-2C 1314176-9 #> 4.185268e-03 3.143863e-05 4.861111e-03 #> 1314176-13 1387968 1418886 #> 4.861111e-03 1.005747e-04 2.011494e-04 #> 04-83D Phytr-06-4 Phytr-0-217 #> 5.580357e-04 2.430556e-03 4.861111e-03 #> NOR1.2 MCK1.1 MCK1.2 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 4123.100000000000364 07-1161-1C 07-1161-1E #> 1.571932e-04 8.370536e-03 4.185268e-03 #> 07-1161-4A 07-1161-4B 07-1161-3-1 #> 4.185268e-03 1.395089e-03 4.185268e-03 #> 07-1161-3-2 07-1161-3-3 07-1161-5A #> 4.185268e-03 4.185268e-03 1.395089e-03 #> 07-1161-5D 1314070-20 07-1240-1 #> 1.395089e-03 4.861111e-03 4.185268e-03 #> 08-15-1 08-16-1 1368791-19 #> 4.185268e-03 4.185268e-03 2.083333e-03 #> 1368791-21 1429891-1 1429891-2 #> 1.041667e-03 2.083333e-03 8.620690e-05 #> 1429891-3 1429891-4 1429891-6 #> 4.861111e-03 2.083333e-03 2.083333e-03 #> 1429891-7 1429891-10 1429891-11 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 2.083333e-03 #> 1437044-28 1454471-29 1454471-31 #> 8.620690e-05 1.783591e-06 1.783591e-06 #> 1309326-1 1480397 1368791-2 #> 4.861111e-03 2.083333e-03 1.005747e-04 #> 1281744-1 1281744-3 1281744-5 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 1.041667e-03 #> 1281744-6 1281744-7 1281744-9 #> 2.083333e-03 8.620690e-05 4.166667e-03 #> 1281744-10 1281744-15 1281744-16 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 4.166667e-03 #> 1281744-21 1454527-12 1480844-4 #> 2.083333e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1480844-5 1480844-8 1480844-10 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1281744-4 1480841-6 1281789-1 #> 2.083333e-03 2.083333e-03 2.083333e-03 #> 1281789-2 1431833-31 1431833-32 #> 2.083333e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1431833-39 1309305-21 118-28-B #> 4.861111e-03 2.011494e-04 4.185268e-03 #> 118-28-E 134-19-E 134-20-E #> 4.185268e-04 8.370536e-03 4.185268e-03 #> Pr 519- LTR1.2 Pr 520- MCK1.1 09-133-4 ODA #> 9.722222e-03 4.861111e-03 1.395089e-03 #> SOD OR 10-59-3-A SOD OR 10-59-3-D SOD OR 10-59-3-E #> 4.185268e-03 4.185268e-03 4.185268e-03 #> SOD OR 10-59-3-F SOD OR 10-59-3-H Pr 731 #> 4.185268e-03 4.185268e-03 5.208333e-04 #> Pr 732 Pr 733 Pr 734 #> 5.208333e-04 1.215278e-03 1.215278e-03 #> Pr 735 1441558-37 1441558-39 #> 1.215278e-03 4.861111e-03 9.722222e-03 #> 1469925-55 1538371-8 1560692-17 #> 1.783591e-06 9.722222e-03 1.340996e-04 #> 1623730-36 1623827-6 1631078-10 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 4.861111e-03 #> 1631078-12 #4177 Blomquist back up 1631081-1 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1631081-2 1631081-3 1631081-15 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 1631081-17 1631081-22 1644850-1 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 9.722222e-03 #> 1644850-2 1644850-4 1644850-5 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 9.722222e-03 #> 1644850-6 1644850-7 1644850-8 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 9.722222e-03 #> 1644856-18 1644856-35 1341878-7 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 8.620690e-05 #> 1341878-49 1365048 1496607 #> 2.083333e-03 2.011494e-04 2.011494e-04 #> 1560191-36 1583329-B 1583329-C #> 4.161712e-06 2.011494e-04 4.861111e-03 #> 1596853 1596854 1621925-9 #> 9.722222e-03 8.620690e-05 9.722222e-03 #> 1621925-11 1621926-8 1626660-3 #> 9.722222e-03 9.722222e-03 9.722222e-03 #> 1625769 1626651-10 1626656-1 #> 2.011494e-04 9.722222e-03 9.722222e-03 #> 1644994-2 PC#11-1366 ODA 81-8 #> 9.722222e-03 4.861111e-03 1.771191e-05 #> ODA 81-9 ODA 81-37 ODA 114-6 #> 1.771191e-05 1.771191e-05 1.771191e-05 #> 120187 120189 120231 #> 3.143863e-05 4.861111e-03 2.011494e-04 #> 1404252-18 1497058-26 1644623-8 #> 2.011494e-04 8.620690e-05 2.011494e-04 #> 1644623-26 230P06005897-8 230P06005897-9 #> 4.161712e-06 2.011494e-04 2.011494e-04 #> 230P06005898-20 230P06005898-21 10998-V2 #> 2.011494e-04 2.011494e-04 1.571932e-05 #> 1004.1 1008.1 1019.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 1021.1 1030.1 1031.1 #> 3.128552e-05 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 1032.1 1033.1 1041 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 1044 1055 2029.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2043.1 2091.1 2092 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.673328e-04 #> 2096 2099.1 2108.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2108.2 2110.4 4088.1 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 3.271572e-03 #> 4089.1 4120 4122.4 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4131 4143.1 4144.1 #> 1.962943e-02 3.271572e-03 1.962943e-02 #> 4146.1 4154 4158.2 #> 1.962943e-02 3.128552e-05 1.962943e-02 #> 4167.1 4168.2 4169.1 #> 1.877131e-04 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 4172.2 4173.2 5013.1 #> 1.962943e-02 3.271572e-03 1.962943e-02 #> 5019 1020.1 2018.1 #> 1.962943e-02 1.138507e-02 1.962943e-02 #> 2148.1 2153.3 2157.3 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2176 2178 2179 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2180 2181 2183 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2184 2190 2192 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2193 2194 2195 #> 1.962943e-02 1.795071e-06 1.962943e-02 #> 2206 2220 4215 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4242 4251.1 4252.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4280 4297 4301.1 #> 1.877131e-04 1.877131e-04 1.877131e-04 #> 4318.1 4320.1 5410 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 5448.1 5449.1 5450 #> 1.962943e-02 1.673328e-04 1.962943e-02 #> 5451 5464 5467 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.795071e-06 #> WA12-101402 WA9-111302 2027 #> 1.269976e-02 2.024096e-05 1.600177e-06 #> 1105 2222 2234.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 3.271572e-03 #> 2234.2 2235.1 2235.2 #> 3.128552e-05 3.271572e-03 1.877131e-04 #> 2236 2236.10 2236.6 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2236.7 2243.1 2243.3 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 2243.5 2243.6 2243.8 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2271 2274 2295 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2336.1 2336.2 2336.3 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2336.4 2336.5 2340 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.795071e-06 #> 2344 2402 2404.1 #> 1.962943e-02 3.271572e-03 1.962943e-02 #> 2424 2542 2552 #> 1.962943e-02 1.620370e-03 1.962943e-02 #> 2554.4 2554.5 2572 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.308629e-04 #> 2598 2611.1 2611.2 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2611.3 2615 2617.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2617.2 2617.3 2622.1 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2622.2 2622.3 2624 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2628 2631 2634 #> 1.962943e-02 1.795071e-06 1.308629e-04 #> 2641.1 2641.2 2642 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2643 2644 2644.1 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2644.2 2644.3 2647 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2647.1 2647.2 2648 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2649 2649.1 4239 #> 3.271572e-03 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4240 4347 4349 #> 1.962943e-02 1.795071e-06 1.673328e-04 #> 4351 4352 4353 #> 3.271572e-03 3.271572e-03 3.271572e-03 #> 4354 4355 4358 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4359 4361 4362 #> 1.877131e-04 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 4364 4367 4375 #> 1.877131e-04 3.128552e-05 3.271572e-03 #> 4377 4378 4379 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4380 4382 4383 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 4396 4400.1 WA12-030403 #> 1.877131e-04 3.128552e-05 1.269976e-02 #> WA12-1-101403 WA12-1-111003 WA12-112403 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.269976e-02 #> WA12-2-031803 WA12-2-111003 WA12-3-091603 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.269976e-02 #> WA12-3-111003 WA12-4-081803 WA15-1-031803 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.161367e-06 #> WA15-3-080403 WA1-7-031803 WA4-4-031803 #> 5.474034e-03 2.116626e-03 1.269976e-02 #> WA9.1-030403 WA9-081803 = 1712 2234 #> 2.024096e-05 1.214458e-04 7.180284e-08 #> 2222.12 2294 2452 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2486 2561 2562 #> 1.962943e-02 7.851772e-04 7.851772e-04 #> 2595 2849 2850 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 2851 2965.2 2976 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 1.962943e-02 #> 2985 2987 2988 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 4542 9004 9013 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.877131e-04 #> 9022 9023 9032 #> 1.962943e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 9034 9038 WA1.2BA15-030104 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.214458e-04 #> WA1-011304 WA1-032204 WA12-011304 #> 1.269976e-02 1.214458e-04 1.269976e-02 #> WA12-012604 WA12-040504 WA12-051704 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 2.116626e-03 #> WA12-2-032204 WA16-011304 WA27-040504 #> 1.214458e-04 1.269976e-02 1.269976e-02 #> WA27-071904 WA9-020904 4384 #> 1.269976e-02 1.269976e-02 1.795071e-06 #> WA27-040205 9488 11075 #> 1.269976e-02 6.392045e-03 1.420455e-03 #> 10490.1 10490.2 10490.3 #> 1.041667e-02 1.041667e-02 1.041667e-02 #> 10490.4 10491.1 10491.2 #> 1.041667e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10491.3 10492.1 10492.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10492.3 10492.4 10492.5 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10492.6 10493 10496.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10496.2 10496.3 10497.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 10497.2 10497.3 11745.1 #> 6.313131e-04 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11745.2 11745.3 11761.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11761.2 11761.3 11761.4 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11761.5 11762.1 11762.2 #> 6.313131e-04 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11762.3 11803.1 11803.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11803.3 11805.1 11805.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11805.3 11806 11807.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11807.2 11807.3 11808.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11808.2 11808.3 11810.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11810.2 11810.3 11812.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11812.2 11812.3 11819.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11819.2 11819.3 11819.4 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11819.5 11819.6 11855.1 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11855.2 11913.1 11913.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11913.3 11914.1 11914.2 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 11914.3 11349 11372 #> 2.083333e-02 7.520053e-04 1.671123e-04 #> 11798x7535 11799x7517 10794-V5 #> 1.041667e-02 2.083333e-02 3.240741e-04 #> 11466-V2 11466-V5 11540-V3 #> 8.847122e-05 8.847122e-05 3.240741e-03 #> 11160 11955 13150 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 1.041667e-02 #> 13153.1 13153.2 13155 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 2.083333e-02 #> 13184 13185 13205 #> 2.083333e-02 1.190476e-03 2.083333e-02 #> 13206 13207 13228 #> 2.083333e-02 1.041667e-02 1.041667e-02 #> 13154 11956 13226 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 1.041667e-02 #> 13227 2043_1 2138_1 #> 1.041667e-02 1.962943e-02 1.962943e-02 #> 2157_3 11001 13592 #> 1.877131e-04 9.722222e-04 4.861111e-03 #> WA12S-091713 13746-9105 13766-9120 #> 1.673328e-04 4.166667e-03 1.877131e-04 #> 13767-9121 13773-9138 13774-9174 #> 1.877131e-04 1.962943e-02 1.041141e-06 #> 13778-9175 13780-9139 13781-9123 #> 3.128552e-05 1.962943e-02 1.673328e-04 #> 13782-9140 13785-9142 13786-9143 #> 1.962943e-02 4.629630e-04 4.629630e-04 #> 13787-9144 13788-9145 13789-9146 #> 4.629630e-04 2.558480e-04 4.861111e-03 #> 13790-9147 13835 13844-9176 #> 2.558480e-04 3.086420e-04 1.543210e-04 #> 13845-9124 13846-9108 13847-9109 #> 4.861111e-03 3.240741e-03 2.558480e-04 #> 13849-9110 13850-9111 13859-9112 #> 2.083333e-02 3.125000e-02 2.083333e-02 #> 13860-9148 13861-9113 13862-9114 #> 2.083333e-02 1.190476e-03 1.190476e-03 #> 13863-9115 13867-9117 13870-9149 #> 2.083333e-02 5.208333e-03 1.877131e-04 #> 13875-9132 13878-9151 13879-9152 #> 1.877131e-04 4.861111e-03 4.050926e-03 #> 13881-9153 13883-9133 13885-9177 #> 4.873294e-06 7.716049e-05 3.240741e-04 #> 13886-9154 13887-9202 13888 #> 1.620370e-03 3.240741e-04 5.692535e-03 #> 13889-9161 13891-9162 13893-9178 #> 3.271572e-03 9.722222e-04 2.430556e-03 #> 13895-9155 13900-9156 13902-9157 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 7.520053e-04 #> 13903-9179 13904-9180 13905-9181 #> 1.138507e-02 1.410160e-03 7.520053e-04 #> 13906-9163 13908-9164 13909-9158 #> 7.520053e-04 7.520053e-04 1.877131e-04 #> 13916 13917-9182 13918-9203 #> 2.430556e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 13919-9183 13920-9159 13927-9185 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 1.041667e-02 #> 13928-9186 13929-9187 13930-A-9188 #> 2.083333e-02 2.083333e-02 2.083333e-02 #> 13930-B 13932-9189 13933-9190 #> 2.083333e-02 4.861111e-03 1.620370e-03 #> 13934 13942-9194 13945 #> 7.812500e-03 1.388889e-04 3.086420e-04 #> 13951-9195 13952-9196 13954-9197 #> 1.785714e-03 2.083333e-02 1.190476e-03 #> 13955-9198 13957-9199 13958-9200 #> 1.190476e-03 2.083333e-02 1.785714e-03 #> 13959-9206 13960-9207 14001-9208 #> 3.125000e-02 3.125000e-02 3.240741e-03 #> 14002 14003-9209 14004 #> 4.861111e-03 2.916667e-03 9.722222e-04 #> 14005 14006-9210 14007-9211 #> 1.620370e-03 1.620370e-03 1.620370e-03 #> 14008-9212 14023 14024 #> 1.620370e-03 1.041667e-02 1.785714e-03 #> 14028 14033 14035 #> 2.083333e-02 9.259259e-05 3.086420e-04 #> 14036 14056 13872-9150 #> 9.259259e-05 2.916667e-03 1.962943e-02 #> 13893 13931-9204 13600 #> 4.861111e-03 2.430556e-03 3.271572e-03 #> 13632 13635 13655 #> 1.671123e-04 4.166667e-03 2.558480e-04 #> 13661 13662 13663 #> 4.861111e-03 3.240741e-03 1.535088e-04 #> 13690 13692 13694 #> 4.873294e-06 4.629630e-05 9.722222e-04 #> 13695 13698 13699 #> 5.116959e-05 6.481481e-04 4.861111e-03 #> 13711 13716 13735 #> 9.259259e-05 1.535088e-04 4.861111e-03 #> 13737 13738 13739 #> 1.620370e-03 3.240741e-03 3.240741e-03 #> 13744 13747 13748 #> 3.240741e-03 4.166667e-03 4.166667e-03 #> 13749 13751 13753 #> 2.083333e-03 4.166667e-03 4.166667e-03 #> H-2-040113 13801 13802 #> 1.671123e-04 5.116959e-05 1.620370e-03 #> 13805 13824 13825 #> 5.116959e-05 4.166667e-03 1.877131e-04 #> 13826 13827 13828 #> 1.795071e-06 1.877131e-04 4.166667e-03 #> 13830 13831 13832 #> 1.962943e-02 8.847122e-05 4.166667e-03 #> 13837 13838 13839 #> 4.166667e-03 4.166667e-03 4.166667e-03 #> 13840 13841 13842 #> 5.208333e-04 4.166667e-03 7.520053e-04 #> 2157-3 11001-8874 2027-1 #> 1.877131e-04 9.722222e-04 1.962943e-02 #> 2138-1 13873 14040 #> 1.962943e-02 1.877131e-04 4.873294e-06 #> 14041 14042 14043 #> 9.259259e-05 1.624431e-06 9.259259e-05 #> 14044 14046 14047 #> 1.543210e-04 4.861111e-03 7.520053e-04 #> 14049 14077 14078 #> 1.620370e-03 8.847122e-05 8.847122e-05 #> 14079 14080 14081 #> 8.847122e-05 8.847122e-05 8.847122e-05 #> 14082 14083 14085 #> 8.847122e-05 8.847122e-05 2.916667e-03 #> 14092 14093 14107 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14108 14112 14113 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14114 14115 14116 #> 2.558480e-04 3.240741e-03 2.314815e-04 #> 14119 14120 14121 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14122 14123 14131 #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 14132 14045-a 14045-b #> 4.861111e-03 4.861111e-03 4.861111e-03 #> 13971 13977 14129 #> 7.520053e-04 1.620370e-03 1.420455e-03 #> 14135 14136 14137.1 #> 1.420455e-03 8.847122e-05 8.847122e-05 #> 14138 14139 14141 #> 2.893519e-03 8.847122e-05 4.861111e-03 #> 14142 14145 14149 #> 1.944444e-03 5.208333e-04 4.861111e-03 #> 14151 14152 14153 #> 7.520053e-04 7.520053e-04 7.520053e-04 #> 14156 14159 14160 #> 1.620370e-03 2.916667e-03 7.520053e-04 #> 14161 14162 14164 #> 1.877131e-04 7.520053e-04 6.392045e-03 #> 14165 14167 14168 #> 2.916667e-03 1.620370e-03 4.861111e-03 #> 14169 14171 14172 #> 2.558480e-04 4.861111e-03 1.279240e-04 #> 14174 14175 WA84-121613 #> 1.795071e-06 9.259259e-05 4.861111e-03## Rare Allele Correction --------------------------------------------------- ## # If you don't supply a table of frequencies, they are calculated with rraf # with correction = TRUE. This is normally benign when analyzing large # populations, but it can have a great effect on small populations. To help # control this, you can supply arguments described in # help("rare_allele_correction"). # Default is to correct by 1/n per population. Since the calculation is # performed on a smaller sample size due to round robin clone correction, it # would be more appropriate to correct by 1/rrmlg at each locus. This is # acheived by setting d = "rrmlg". Since this is a diploid, we would want to # account for the number of chromosomes, and so we set mul = 1/2 head(pgen(Pram, log = FALSE, d = "rrmlg", mul = 1/2)) # compare with the output above#> PrMS6A1 Pr9C3A1 PrMS39A1 PrMS45A1 PrMS43A1 #> 1411152-10B 0.5 0.5 0.15 0.5 0.11111111 #> 82 0.5 0.5 0.35 0.5 0.11111111 #> 83 0.5 0.5 0.15 0.5 0.05555556 #> 84 0.5 0.5 0.35 0.5 0.11111111 #> 85 0.5 0.5 0.35 0.5 0.22222222 #> 81-NM-1 0.5 0.5 0.35 0.5 0.11111111# If you wanted to treat all alleles as equally rare, then you would set a # specific value (let's say the rare alleles are 1/100): head(pgen(Pram, log = FALSE, e = 1/100))#> PrMS6A1 Pr9C3A1 PrMS39A1 PrMS45A1 PrMS43A1 #> 1411152-10B 0.5 0.5 0.15 0.5 0.111111111 #> 82 0.5 0.5 0.35 0.5 0.111111111 #> 83 0.5 0.5 0.15 0.5 0.003333333 #> 84 0.5 0.5 0.35 0.5 0.006666667 #> 85 0.5 0.5 0.35 0.5 0.222222222 #> 81-NM-1 0.5 0.5 0.35 0.5 0.111111111# }